通过取一定量的竞争性DNA片段混合物（每个竞争性DNA片段与各自对应基因片段通常仅有2-3bp差别），然后与合适量的检测样本DNA混合，随后利用多重荧光PCR引物 对检测样本DNA及竞争性DNA片段混合物进行参照基因片段和目标基因片段的扩增；多重PCR产物经荧光毛细管电泳后根据扩增长度差异进行分离，获取不同基因片段的 检测样本峰（S）以及竞争性DNA峰（C）的峰高值；分析每个基因片段的S/C峰高比值（称R值），然后将目标基因R值除以参照基因R值获得RR值(用于校正不同检测样本DNA 用量差异)，通过将检测样本的RR值除以参照样本的RR值（用于校正不同基因片段对应竞争性DNA的用量差异）后再乘以参照样本在该目标基因上的拷贝数即可获得目标 基因的精确拷贝数。