地中海贫血全面基因突变筛查

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背景介绍

地中海贫血是世界上最常见的危害性最大的单基因遗传病之一，全球至少有3.5亿人携带地贫基因，占总人口的2％，每年约有10万重症地贫患儿出生，我国长江以南的广大地域为该病的高发区，人群中基因携带率最高可达24％，其中，尤以广西、广东和海南三省为甚，因此该病是我国南方地区血液科和小儿科中常见的溶血性疾病。

——Blood Rev.2012

地中海贫血难治疗但却可预防，育龄女性婚前、孕前和产前的筛查均可有效避免重、中型地贫患儿的出生。

地中海贫血的危害

▶▶▶重型α-地贫导致新生儿死亡率增加；重型β-地贫胎儿出生时与正常胎儿无异，到3-6个月时就会逐渐出现严重贫血，若不及时治疗，一般至5岁左右会出现生命危险；

▶▶▶中度地贫患儿需要长期输血，成人后基本丧失劳动力，生活质量严重下降；

▶▶▶目前地贫治疗尚无有效根治方法，患儿家庭背负着极大精神压力和经济负担；

检测内容

检测α-和β-地中海贫血相关致病基因的880＋种点突变、60＋种缺失型突变（包含其他未知的HBA、HBB大片段缺失变异及覆盖MCSR、LCR调控区域的缺失变异）、4种同源重组及6种β-地中海贫血相关修饰基因突变。

项目优势

高覆盖率

地中海贫血全面基因突变筛查检测体系所筛查突变类型种类全面（包括罕见缺失突变、MCSR、LCR调控区域的缺失变异、4种同源重组及6种β-地中海贫血相关修饰基因突变），做到真正全覆盖，是市场上基于多重荧光片段分析平台检测位点最全面的产品，可覆盖α/β-地中海贫血人群总数99％以上，最大程度降低漏检率；
高效率

可检出杂合，纯合，复合杂合突变等多种突变类型。Sanger测序用于检测目标区域内单碱基突变、小缺失或插入突变，Sanger测序是公认的基因“点”突变检测的金标准，省去繁琐重复验证的步骤，最大程度上缩短了检测周期；
超“金”标准

只需20ng基因组DNA即可完成90个突变位点的检测。在地贫体系设计中，实现了高密度探针覆盖，分析拷贝数方面能够精准分析6拷贝以内的变异，CNVplex®是靶向基因拷贝数检测国际金标准（MLPA）之上的“超”金标准；
检测结果准确

检测体系启动公司专利保护的“基因检测流程质控系统”，对实验过程中任一环节造成的样本混淆可及时发现；

地中海贫血基因筛查位点详细信息

现有对地贫人群防控方案主要采用传统的血液学筛查或针对一些热点突变类型的基因检测技术，目前存在技术操作繁杂、检测内容不够全面，仍存在不少漏检情况，尤其对调控区域缺失、一些非热点大片段缺失以及修饰基因突变等未能有效检测，从而导致在临床中对地贫的精准诊断、临床表型解读以及有效预防仍存在诸多不足。

▶▶▶天昊针对现有筛查模式不足，有如下考量：

天昊地贫全测序体系能够对各种罕见突变类型精准筛查、以及地贫中调控区域、chr11/chr16末端及着丝粒附近与β-地贫6种修饰基因均可进行检测，最大程度降低漏检率，能够通过对调控区域和修饰基因的检测来鉴别临床中地中海贫血的严重程度。

在地贫全测序CNVplex®体系探针设计方面，天昊地贫全测序提供对HBA与HBB的基因区域进行高分辨的CNV检测，设计了共200多对探针（见下图），其中对目标区域内所有血红蛋白基因的每个外显子以及HBA/HBB基因各调控区均设计了至少两对探针，并针对30余个有明确断点报道的缺失突变设计了断点检测探针，以及在chr11/chr16的末端以及着丝粒两侧均设计了12对探针用于检测可导致地贫发生的染色体末端的微缺失变异。

天昊地贫全测序所覆盖的内容包含目前数据库及文献报道的所有明确致病突变的相关位点，并且对未报道的可能致病的新突变也能有效检测并作为补充检测结果给出提示，以防止临床上漏检等情况发生。

样本类型

EDTA抗凝或枸橼酸钠抗凝（避免使用肝素）外周血2ml，或口腔拭子2根。

保存及运输

2-8℃可存放一周，更长时间需采用-20℃保存；运输需泡沫箱加冰袋密封，运输途中避免暴晒且时限不超过72小时。

检测方法

CNVplex®高通量基因拷贝数检测技术采用连接酶高特异性连接反应对目的区域进行杂交、连接，通过天昊基因专利技术在连接探针末段引入不同长度的标签序列获得长度各异的目的探针连接产物，利用荧光标记的通用引物对连接产物进行PCR扩增，通过多重荧光片段分析对扩增产物进行分离检测，最后通过对检测图谱分析，对样品目的区域拷贝数进行分析确定。